كانت بداية توتي مع نادي فورتيتودو القريب من بيته وهو في الخامسة من عمره وكان أصغر أعضاء النادي سنا وأفضلهم لعبا للكرة
ورغم أنه كان الأصغر إلا أن قدراته الكبيرة كانت بارزة خاصة في مجال التحكم في الكرة والمراوغة والتمرير وهنا ازداد عشق توتي بكرة القدم
أصبح توتي اللاعب الأول في روما وإيطاليا من حيث المهارة وتسجيل الأهداف وفي الثامنة من عمره ارتدى توتى قميص نادي سميت تراستيفيري أحد الأندية في العاصمة روما بعد بروز توتي وتفجر موهبته في كرة القدم بدأت الأندية الإيطالية تتهافت عليه لكن نادي لوديجياني تمكن من اقناع والده بتسجيله به ويعد ذلك النادي محطة هامة في مسيرة فرانشيسكو حيث أنه قابل هناك اميديو مورينو الذي يعد صاحب تأثير كبير على توتي داخل وخارج عالم كرة القدم وكان ذلك في العالم 1986
بعد موسمين قضاهما توتي مع لوديجياني تفجرت خلالها مواهبه بدرجة كبيرة و كان لابد لتوتي أن ينتقل لأحد الأندية الكبيرة روما أو لاتسيو وهنا كان خيار نادي لوديجياني هو إرسال توتي لنادي لاتسيو حيث تربط الناديين علاقات ودية ورسمية تحتم ذلك ولكن أفراد عائلة توتي خاصة والدته وأميديو مورينو رفضوا ذلك الأمر تماما وضغطوا بقوة حتى نجحوا بنقل توتي لنادي روما بل أنهم رفضوا عرضا قياسيا لانتقاله لنادي الميلان في مدينة ميلانو شمال إيطاليا مفضلين التحاقه بنادي العاصمة الذي تنتمي له العائلة بالكامل
و من هنا بدأت مسيرة توتي مع نادي روما الإيطالي و الذي سيستمر فيه الى نهاية مسيرته الكروية
توتي بدأ مع روما بعمر 13 عام فقط ضمن فريق الناشئين بالنادي وتدرج في صفوف ناشئي روما متدربا تحت يدي عديد المدربين الذين أشادوا به وبقدراته بشكل كبير
خلال موسم 1992–1993 شهد المشاركة الأولى للاعب في الفريق الأول وكانت أمام نادي بريشيا في 28 مارس 1993
في المواسم التالية، أصبح توتي لاعب في التشكيلة الأساسية لنادي روما، وقد نجح في احراز هدفه الأول في تاريخ 24 سبتمبر/أيلول من العام 1994 وفي العام التالي 1995 أصبح فرانشيسكو توتي يلعب بشكل أساسي مع فريق روما واحرز 16 هدف
حمل توتي شارة قائد في فريق روما موسم 1997 وقد احرز توتي 30 هدف تحت قيادته
خلال موسم 1998–1999 احرز جائزة أفضل لاعب شاب في الدوري الإيطالي موسم 1998–1999.
موسم 1999–2000
احتل روما المركز الأول، وسجل توتي 7 أهداف وصنع 27 هدف وبنهاية الموسم حصل فرانشيسكو توتي على جائزة أفضل لاعب إيطالي لموسم 1999–2000، وحل اسمه في المركز الخامس لترشيحات جائزة الكرة الذهبية
موسم 2000–2001
تغير مركز فرانشيسكو من لاعب جناح أيسر في الهجوم إلى وسط مهاجم كصانع ألعاب تألق توتي و صنع 20 هدفاً وأحرز 13 هدف
حيث ساعد بها فريق روما لأحراز الدوري الإيطالي الأول له كلاعب واللقب الثالث في تاريخ نادي روما واحرز هدف واحد في كأس السوبر الإيطالي
في السنوات التالية لعب فرانشيسكو توتي كمهاجم ثاني وقد احرز 20 هدف في موسم 2003–2004 وقد جاء فريق روما الوصيف وقد احرز فيها توتي لقبه الشخصي الثاني الي جائزة أفضل لاعب إيطالي
موسم 2004–2005
بقي مستوي فرانشيسكو توتي تابثا هجوميا حيث احرز 15 هدف واحرز هدفه الرقم 100 في دوري الإيطالي و أصبح أفضل هداف في تاريخ نادي روما بعد تسجيله هدفه الرقم 107
موسم 2005–2006
غير المدرب من موقع توتي حيث أصبح مهاجماً صريحاً وقد احرز 15 هدف في 24 مبارة و ساعد فريق روما على الفوز في 11 مباراة متتالية
موسم 2006–2007
كان فرانشيسكو توتي مستوي عالي من الأداء كما أنهي موسمه كهداف لدوري الإيطالي و انهى الفريق روما الدوري برتبة الوصيف
وحصلو علي لقب كأس إيطاليا لعام 2007 وقد تحصل فرانشيسكو توتي علي جائزة الحذاء الذهبي الأوروبي كأفضل هداف في أوروبا
وقد رشح الي جائزة أفضل لاعب في أوروبا وحل في المركز 10
موسم 2007 - 2008
أحرز فرانشيسكو توتي هدفه رقم 200 مع فريق روما في مسابقة كأس إيطاليا
وقد حصل علي جائزة أفضل لاعب إيطالي للمرة الخامسة في تاريخه
و فاز مع فريق روما بكأس إيطاليا التاسعة في تاريخ النادي ولكن فرانشيسكو توتي لم يلعب بسبب الإصابة، ولكنه قام بحمل الكأس في لقطة طريفة جداً تنبه بحبه الكبير الي نادي روما وقال فرانشيسكو توتي
موسم 2008– 2009
وفي 8 نوفمبر 2008، ظهر توتي للمرة الاربعمائة في دوري الدرجة الاولى الإيطالي
وفي يوم 19 أبريل سنة 2009، سجل توتي هدفه رقم 175 في الدوري
متجاوزا أميديو أمادي كأفضل هداف في فريق روما. وبهذا الهدف، أصبح توتي أيضا واحداً من العشرة لاعبين الأوائل الأكثر تسجيلاً للأهداف في تاريخ دوري الدرجة الاولى الإيطالي.
موسم 2009–2010
وعلى الرغم من معاناة توتي من العديد من المشاكل والإصابات، الا انه تفوق على من قبله من المهاجمين الأشهر مثل غابرييل باتيستوتا وجوسيب سيغنوري
وكورت هامرين، مما وضعه في المركز السادس في دوري الدرجة الاولى الإيطالي.
و سجل هاتريك مرتين خلال المنافسة في هذا الموسم، وساعد فريق روما على خوض 24 مباراة دون هزيمة و الوصول الى نهائي كأس إيطاليا
موسم 2011–2012
لم يتمكن من تسجيل أهداف بشكل كبير لكن قام بصناعة العديد من الاهداف و قام بدور آخر وهو ان يربط الهجوم ومنتصف الملعب بفضل قيادته
و تمكن من تسجيل رقم قياسي جديد، حيث ان هدفه الثاني جعله يصل إلى 211 هدف في الدوري، وهذا الرقم يعتبر أعلى رقم في عدد الأهداف التي تمكن اللاعبون من تسجيلها في الدوري
موسم 2012–2013
تخطى توتي رقم جيانيني مع روما
و اجتاز توتي الأرقام القياسية لكلٍ من جوزيبي مياتزا وجوزيه ألتافيني مشتركين وذلك بعد تسجيل الهدف الأول الذي قام بتسجيله في المباراة التي فاز بها فريق روما 4–2 في مباراة الذهاب في جنوةمما جعله ثالث هداف تاريخي برصيد 217 هدف في الدوري في 3 مارس، تمكن توتي من تسجيل هدفه رقم 22 ضد فريق جنوة في المباراة التي فاز بها فريق روما على خصيمه 3–1، ليصبح بذلك ثاني الهدافين بالتساوي في عدد الأهداف مع اللاعب غونار نوردال. ولقد تمكن توتي أخيراً من تحقيق الرقم القياسي الذي حققه نوردال من خلال التسجيل أمام فريق بارما في يوم 18 مارس، مما زاد حصيلة أهدافه إلى 226 هدفاً. في 8 ابريل، ومن خلال تسجيل هدف من ركلة جزاء ضد فريق لاتسيو، أصبح الهداف التاريخي لقمة روما على مر العصور برصيد تسعة أهداف. لقد أنهي توتي موسم 2012–13 وفي رصيده 12 هدف 12 صناعة هدف من خلال 34 مشاركة له. وقد وصل توتي أيضاً عام 2013 مع فريقه روما إلى نهائي كأس إيطاليا
موسم 2013–2014
لعب توتي كمهاجم مساند أو جناح أيس
احتفل توتي بوصوله إلى رقم 700 من عدد المشاركات في المباريات والتي اكتملت في مباراته ضد تورينو. في 2 ابريل، تمكن من تسجيل هدفه رقم 20 في فريق بارما
وقد أنهي الموسم ولديه رصيد من الأهداف يقدر 8 و صنع 10 و أنهي الموسم بأعلى رصيد من صناعة الأهداف.
موسم 2014–2015
سجل توتي هدف التعادل في دور المجموعات في بطولة دوري الابطال أمام فريق مانشستر سيتي وبذلك قد أصبح أكبر هداف في تلك المسابقة
حيث ان ذلك الهدف كان هدفه رقم 300 على مدار مشواره الكروي كاملاً.
في 11 يناير 2015، تمكن توتي من تسجيل هدفين ضد فريق لاتسيو، وبذلك أصبح الهداف التاريخي لمباريات القمة الرسمية بين روما ولاتسيو، بالتساوي مع اللاعب دينو دي كوستا برصيد 11 هدف
استطاع توتي تسجيل ركلة جزاء في مباراة خسر فيها فريقه 2–1 أمام فريق الميلان، وبذلك أصبح متساوياً مع اللاعب روبرتو باجيو في رقمه القياسي في عدد الأهداف المسجلة من ركلات الجزاء برصيد 68 هدف.
في أخر يوم كروي في موسم 2014–15، تمكن من تسجيل هدفه رقم 299
تمكن توتي من انهاء ذلك الموسم كهداف للفريق برصيد عشرة أهداف في جميع المنافسات، وتلك كانت المرة السابعة له كهداف للفريق.
موسم 2015–2016
في موسم 2015–16، تمكن توتي من تسجيل هدفه رقم 300 في فريقه روما في جميع المنافسات
في مباراة العودة التي انتهت بنتيجة 1–1 ضد فريق ميلان في 9 يناير 2016، تمكن من تحقيق الرقم القياسي للاعب جيانلوكا باليوكا كثالث أعلى عدد مرات ظهور في مسابقات الدوري برصيد 592 مرة من الظهور
بعد تسجيل هدفه رقم 69 من ضربات الجزاء، أصبح الهداف التاريخي لضربات الجزاء. بعد تسجيل تلك الثنائية، أصبح أكبر لاعب في التاريخ يسجل هدفين في مباراة واحدة في الدوري عند بلوغه عمر 39 عام وستة أشهر 23 يوم، والذي مكنه من تحطيم الرقم القياسي للاعب سلفيو بيولا الذي كان عمره 39 عام، 4 أشهر، ويومين.
سجل هدفه رقم 21 من ركلة حرة على التوالي، مما جعله يتساوى مع باجيو والذي يعتبر رابح أكثر الهدافين للركلات الحرة في التاريخ، بعد دلبيرو، بيرلو، وسينيشا ميهايلوفيتش
وتمكن من تسجيل هدف روما الأخير في مباراة العودة التي فازت بها روما 3–0 على كييفو فيرونا في مشاركته رقم 600 في الدوري مما جعله ثالث لاعب يصل إلى ذلك الرقم القياسي.
شارك توتي في 13 مباراة في الدوري خلال الموسم واستطاع تسجيل 4 اهداف في آخر ست مباريات له كبديل.
في موسم 2016–2017
في مباراة ضد سامبدوريا في 11 سبتمبر، استطاع ان يحقق الرقم القياسي لباولو مالدينو بالمشاركة في 25 موسم كروي
في 25 سبتمبر، تمكن من تسجيل هدفه رقوفي 15 أبريل، شارك كبديل في المباراة التي انتهت بالتعادل الإيجابي 1–1 ضد اتالانتا وكانت هذه مشاركته رقم 615 في مباريات دوري الدرجة الاولى الإيطالي، وهو ما يعادل عدد مشاركات خافيير زانيتي باعتباره ثالث أكثر اللاعبين مشاركة في مباريات الدوري الإيطالي.
وفي 28 مايو، لعب توتي مباراته الأخيرة مع روما والتي فازت فيها روما على ارضها 3–2 ضد جنوةم 250 وذلك في مبارة ضد فريق تورينو
.gif "At (149) و2")
3 يوم، والذي مكنه من تحطيم الرقم القياسي للاعب سلفيو بيولا الذي كان عمره 39 عام، 4 أشهر، ويومين. 
