بدأ ميسي اولى مباريات منتخب بلادة الأرجنتين ببطولة كوبا أمريكا 2015
التي اقيمت في تشيلي بإحراز هدف من ركلة جزاء في مرمى الباراغواي
في مباراة إنتهت بالتعادل 2–2، في المباراة التالية تفوق رفاق ميسي على الأوروغواي 1–0
المباراة الثالثة في البطولة للمنتخب الأرجنتيني كانت مميزة بالنسبة إلى قائد المنتخب
والتي كانت أمام جامايكا إذ كانت المباراة الدولية رقم مئة في مسيرة اللاعب مع منتخب بلادة
وفازت الأرجنتين فيها 1–0، في الدور الثاني من البطولة
تجاوزت الأرجنتين بصعوبة منتخب كولومبيا بركلات الترجيح 5–4
بعد إنتهاء الوقتيين الأصلي والأضافي 0–0 أحرز ميسي إحدى ركلات الترجيح،
وفي قبل نهائي البطولة اكتسح نجوم الأرجنتين منتخب الباراغواي بنتيجة 6–1
في مباراة اكتفى فيها ميسي بصناعة هدفين،
في المباراة النهائية للبطولة تقابلت الأرجنتين مع صاحبة الأرض تشيلي
لكن نجوم الأرجنتين بقيادة ميسي أخفقوا في ترجمة أفضليتهم خلال المباراة
وخسروا بركلات الترجيح 1–4 في مباراة لم يتمكن أي من طرفيها
من التسجيل خلال الوقتيين الأصلي والإضافي
وكان ميسي الوحيد من لاعبي الأرجنتين الذي تمكن من التسجيل في ركلات الترجيح،
ليخفق المنتخب الأرجنتيني بقيادة ميسي مجدداً في إحراز كأس دولية.
منعت الإصابة ميسي من لعب أولى مباريات الأرجنتين في كوبا أمريكا المئوية
والتي فاز بها الأرجنتين بنتيجة 2–1 أمام منتخب تشيلي. وفي المباراة الثانية أمام منتخب بنما،
دخل ميسي كبديل في الدقيقة 61 من المباراة وسجل هاتريك لتنتهي المباراة بنتيجة 5–0
وتتأهل بذلك الأرجنتين إلى ربع النهائي، وفي الدور ربع النهائي أحرز ميسي هدف وصنع آخر
خلال مباراة منتخب بلادة مع منتخب فنزويلا والتي إنتهت 4–1،
وفي الدور نصف النهائي قاد ميسي منتخب بلادة لتجاوز منتخب الولايات المتحدة
والوصول إلى نهائي البطولة للمرة الثانية على التوالي بعد الفوز بنتيجة 4–0
كان هدف ميسي الذي أحرزة في تلك المباراة هو هدفة رقم 55 مع منتخب بلادة
جعلة يتجاوز اللاعب السابق غابرييل باتيستوتا كهداف تاريخي لمنتخب الأرجنتين،
قبل أن يخسر النهائي ضد منتخب تشيلي بركلات الترجيح بعد انتهاء المباراة
في وقتيها الأصلي والإضافي بالتعادل السلبي
وضيّع ميسي الركلة الترجيحية التي أسندت له في ركلات الترجيح.
مباشرة بعد نهاية المباراة النهائية لبطولة كوبا أمريكا المئوية يوم 27 يونيو 2016
أكّد ميسي اعتزاله اللعب الدولي في لقاء صحفي أكّد فيه أن الفترة العصيبة
جعلته يُفكّر بعدّة أشياء وتوصل إلى أن المنتخب انتهى بالنسبة له،
وذكر أنه حاول ولعب أربع نهائيات وخسرها كلّها وأدرك أن هذا القرار هو الأفضل للجميع.
وأحدث خبر اعتزال ميسي ضجة في الأرجنتين وخرجت الكثير من الأصوات
المطالبة بعدوله عن قرار الاعتزال، ودعا الأسطورة الأرجنتيني دييغو مارادونا ميسي للبقاء في المنتخب،
وعلّل ذلك بأن اللاعب يعيش أفضل أيامه، وسيكون قادراً على
جلب بطولة كأس العالم بعد عامين في روسيا، واعتذر عن موقفه السابق
الذي اعتبر فيه أن ميسي يفتقد إلى "شخصية القائد"، وتبعه في ذلك مُعظم أبطال مونديال 1986
الذين استغلّوا تكريمهم في مؤتمر للبرلمان الأرجنتيني للتعبير عن رفضهم لقرار اللاعب
ودعوته لإعادة النظر فيه، ووقفوا من أجل التقاط صورة وهم يحملون لافتة
كتب عليها وسم "لا ترحل يا ليو"، والذي بدأ بعض الأرجنتينيين في استخدامه لمحاولة إقناع ميسي بالعدول عن قراره،
كما شارك الرئيس الأرجنتيني ماوريسيو ماكري في الحملة ودعا اللاعب للبقاء في المنتخب،
وأكّد بأنه اتصل به بعد نهاية المباراة وهنّئه على أداء المنتخب الذي وصفه بالرائع،
وبعد اعتزاله بأقلّ من 48 ساعة قدّم رئيس الاتحاد الأرجنتيني لكرة القدم لويس سيجورا استقالته
من رئاسة الاتحاد الذي يمرّ بأزمات كبيرة متمنياً إعادة ميسي النظر في قرار الاعتزال،
وذكر بأن الأرجنتين تحتاج إلى ميسي، الذي وصفه بأنه كان يأتي ليس من أجل المال
ولكن من أجل قميص الفريق، وبأنه لا يستحق أن يمر بهذه اللحظة، قبل أن يعود عن قراره
يوم 12 أغسطس ويُقرّر خوض تصفيات كأس العالم 2018 مع منتخب بلاده.
في 28 مارس 2017، تم إيقاف ميسي لأربع مباريات دولية
بسبب سبّه لمساعد الحكم في مباراة ضد تشيلي في 23 مارس 2017.
كما تم تغريمه مبلغ 10،000 فرنك سويسري.
في 10 أكتوبر 2017، قاد ميسي بلاده للتأهل لكأس العالم 2018
بتسجيله هاتريك بعد أن كانت الأرجنتين خاسرة 1–0 في المباراة
التي أنتهت بفوز رفقاء ميسي 3–1 على الإكوادور. وقد كانت الأرجنتين قبل هذا اللقاء
لم تهزم الإكوادور في كيتو منذ عام 2001.أهداف ميسي الثلاثة جعلته الهداف التاريخي
في تصفيات كونميبول المؤهلة لكأس العالم 2018 برصيد 21 هدف،
إلى جانب لويس سواريز من الأوروغواي، متفوقاً على الرقم القياسي
السابق الذي سجله مواطنه هرنان كرسبو.
.
.
-
في 16 يونيو 2018، بدأ ليونيل ميسي مشوارة في كأس العالم 2018 –
والذي يُعتقد بأنه الأخير له– ضد آيسلندا. وكانت بداية متعثرة بسبب النتيجة (1–1)
وبسبب أن ليونيل أضاع ركلة جزاء حاسمة في تلك المباراة من أمام الحارس الآيسلندي هانس هالدورسون.
وفي 21 يونيو، كانت المباراة الأهم للمنتخب الأرجنتيني وميسي في المجموعة
ضد المنتخب الكرواتي لأن الخسارة تعني توديع البطولة بشكل كبير.
انتهت تلك المباراة بنتيجة غير متوقعة بخسارة قاسية للتانغو 3–0
وبالتالي أصبح ميسي وزملاءه قريبين من توديع البطولة من الدور الأول.
ميسي لمس الكرة 49 مرة فقط خلال المباراة واثنتان منها فقط كانتا داخل منطقة جزاء كرواتيا.
صرح لاعب كابتن المنتخب الكرواتي لوكا مودريتش بعد انتهاء المباراة قائلاً:
«ميسي لاعب لا يُصدق لكنه لا يستطيع فعل كل شيء بمفرده».
في المباراة الثالثة والحاسمة للمنتخب الأرجنتيني ضد نيجيريا في 26 يونيو،
كان المنتخب الأرجنتين بحاجة للفوز ولا غيره للتأهل لدور الستة عشر.
سجل ميسي الهدف الافتتاحي في المباراة التي انتهت بالفوز 2–1
ليصعد الأرجنتين إلى الدور الثاني كوصيف للمجموعة خلف كرواتيا.مع هذا الهدف،
أصبح ميسي ثالث أرجنتيني بعد دييغو مارادونا وغابرييل باتيستوتا يسجل في ثلاثة كؤوس عالم.
كما أصبح أول لاعب يسجل في كأس العالم في سن المراهقة (18 سنة)، العشرينات (26–27)،
والثلاثينات (31) من عمره. تقدمت الأرجنتين إلى الدور الثاني في المركز الثاني خلف كرواتيا.
في دور الستة عشر ضد فرنسا –بطل العالم لاحقًا– في 30 يونيو، صنع ميسي هدفي غابرييل
ميركادو وسيرخيو أغويرو في مباراة الهزيم 4–3، والتي أقصت الأرجنتين من كأس العالم.
بفضل صناعته في الدور الثانية لفريقه، أصبح ميسي أول لاعب يصنع هدف في كأس العالم الأربعة الأخيرة،
وأصبح أيضًا أول لاعب يصنع هدفين في مباراة للأرجنتين في كأس العالم
منذ أن دييغو مارادونا ضد كوريا الجنوبية في عام 1986.
بعد البطولة، صرح ميسي بأنه لن يشارك في مباريات ودية للأرجنتين ضد غواتيمالا وكولومبيا في سبتمبر 2018،
وعلّق أنه سيكون من غير المرجح أن يمثل بلاده خلال الفترة المتبقية من السنة التقويمية.
أثار غياب ميسي عن المنتخب الوطني وإخفاقه المستمر في الفوز بلقب مع الأرجنتين
تكهنات في وسائل الإعلام بأن ميسي قد يعتزل من كرة القدم الدولية مرة أخرى.
في مارس 2019، استدعي إلى منتخب الأرجنتين مرة أخرى للمشاركة في مباريات
ودية مع الفريق ضد فنزويلا والمغرب في وقت لاحق من ذلك الشهر.
عاد للساحة الدولية في 22 مارس، في مباراة الهزيمة في المباراة الودية 3–1 أمام فنزويلا، في مدريد.